http://www.finanstilsynet.dk/da/Temaer/Finansiel-stabilitet/FAQ-om-indskydergaranti.aspx

Hvad sker der hvis jeg både har et indlån og gæld til pengeinstituttet?
Hvis du har lånt penge i samme institut, hvor du har et indlån, bliver det beløb, som du skylder, som udgangspunkt trukket fra indlånet, når Indskydergarantifonden opgør din dækning.

Det læser jeg som at personen i dit eksempel ikke vil få nogen penge retur, men på den anden side heller ikke længere have nogen gæld til pengeinstituttet. Og hvis du har 500.000 stående og skylder 1.000.000 så ender du med at have en gæld på 500.000, men stadig med ikke at få nogen penge.

I hvert fald så længe der ikke er tale om særlige typer indlån (pension mv. der er en liste hos finanstilsynet på linket øverst.